Das Herbstsemester 2020 findet in einer gemischten Form aus Online- und Präsenzunterricht statt.
Bitte lesen Sie die publizierten Informationen zu den einzelnen Lehrveranstaltungen genau.

261-5112-00L  Algorithms and Data Structures for Population Scale Genomics

SemesterHerbstsemester 2020
DozierendeA. Kahles
Periodizitätjährlich wiederkehrende Veranstaltung
LehrspracheEnglisch
KommentarNumber of participants limited to 30.



Katalogdaten

KurzbeschreibungResearch in Biology and Medicine have been transformed into disciplines of applied data science over the past years. Not only size and inherentcomplexity of the data but also requirements on data privacy and complexity of search and access pose a wealth of new research questions.
LernzielThis interactive course will explore the latest research on algorithms and data structures for population scale genomics applications and give insights into both the technical basis as well as the domain questions motivating it.
InhaltOver the duration of the semester, the course will cover three main topics. Each of the topics will consist of 70-80% lecture content and 20-30% seminar content.
1) Algorithms and data structures for text and graph compression. Motivated through applications in compressive genomics, the course will cover succinct indexing schemes for strings, trees and general graphs, compression schemes for binary matrices as well as the efficient representation of haplotypes and genomic variants.
2) Stochastic data structures and algorithms for approximate representation of strings and graphs as well as sets in general. This includes winnowing schemes and minimizers, sketching techniques, (minimal perfect) hashing and approximate membership query data structures.
3) Data structures supporting encryption and data privacy. As an extension to data structures discussed in the earlier topics, this will include secure indexing using homomorphic encryption as well as design for secure storage and distribution of data.

Leistungskontrolle

Information zur Leistungskontrolle (gültig bis die Lerneinheit neu gelesen wird)
Leistungskontrolle als Semesterkurs
ECTS Kreditpunkte3 KP
PrüfendeA. Kahles
FormSessionsprüfung
PrüfungsspracheEnglisch
RepetitionDie Leistungskontrolle wird nur in der Session nach der Lerneinheit angeboten. Die Repetition ist nur nach erneuter Belegung möglich.
Prüfungsmodusmündlich 20 Minuten
Diese Angaben können noch zu Semesterbeginn aktualisiert werden; verbindlich sind die Angaben auf dem Prüfungsplan.

Lernmaterialien

 
HauptlinkInformation
Es werden nur die öffentlichen Lernmaterialien aufgeführt.

Lehrveranstaltungen

NummerTitelUmfangDozierende
261-5112-00 GAlgorithms and Data Structures for Population Scale Genomics2 Std.
Mi14-16HG D 3.2 »
A. Kahles

Gruppen

Keine Informationen zu Gruppen vorhanden.

Einschränkungen

PlätzeMaximal 30
WartelisteBis 28.09.2020

Angeboten in

StudiengangBereichTyp
Computational Biology and Bioinformatics MasterTheorieWInformation
Data Science MasterInterdisziplinäre WahlfächerWInformation